Consiste en la introducción de un endoscopio por el ano con el que se puede revisar todo el intestino grueso (colon) y a veces, la parte final del intestino delgado. El endoscopio es un tubo flexible, dirigido por el médico que realiza la exploración y con el que se consigue ver directamente el interior del intestino. Con él se pueden diagnosticar la mayoría de las enfermedades que afectan al recto y al colon y en ocasiones se puede aplicar un tratamiento como extirpar pólipos, cauterizar focos de sangrado, dilatar estrecheces, etc.

Es frecuente complementar la exploración con la toma de un pedacito de tejido (biopsia) para su estudio al microscopio. Esto es totalmente indoloro.

La duración de la exploración y las molestias que ocasiona ésta pueden ser muy variables de una persona a otra. Si el médico que realiza la exploración lo considera oportuno puede administrarse una sedación y analgesia para reducir las molestias.
Por este motivo es aconsejable que venga acompañado y tiene que saber que si es sedado no debe conducir en las horas siguientes.

El intestino debe encontrarse totalmente limpio para que se pueda llevar a cabo la exploración. Por ello se le pedirá que realice una limpieza intestinal, según unas indicaciones que se le facilitarán con anterioridad.

Es muy poco probable que se puedan presentar complicaciones con esta exploración, pero en algunos casos en los que se realicen técnicas añadidas, como la extirpación de grandes pólipos, podrían producirse, sangrado o rotura del intestino, necesitándose entonces una operación quirúrgica inmediata.

Al acabar la exploración puede notar una sensación de hinchazón gaseosa intestinal, que mejorará al expulsar el aire introducido durante la prueba. En pocos minutos puede reiniciar una vida normal.