Consiste en la introducción de un endoscopio por la boca con el que se revisa el esófago, el estómago y el duodeno. El endoscopio es un tubo flexible, dirigido por el médico que realiza la exploración y con el que se consigue ver directamente estas cavidades. Con él se pueden diagnosticar las enfermedades que afectan a estos órganos y en ocasiones se puede aplicar un tratamiento como cohibir hemorragias digestivas, extirpar pólipos, dilatar estrecheces, extraer objetos deglutidos, etc.

Es frecuente complementar la exploración con la toma de un pedacito de tejido (biopsia) para su estudio al microscopio. Esto es totalmente indoloro.

El único requisito para poder realizar la exploración es estar en ayunas durante 6 horas.
La duración de la exploración suele ser de muy pocos minutos y no ocasiona dolor, aunque sí náuseas en mayor o en menor medida según cada paciente. Para mejorar la tolerancia a la exploración se puede administrar una sedación mediante una inyección. Tiene que tener en cuenta que si es sedado no debería conducir en las horas siguientes y por si se aplicara esta sedación, se aconseja venir acompañado. Al finalizar puede reiniciar una vida normal.